Los taínos estaban divididos en gran número de cacicazgos de desigual extensión, a veces unos tributarios de otros. El cronista Fernández de Oviedo narra que en La Española había cinco grandes caciques bajo los cuales gobernaban otros de menor importancia. Los caciques taínos recibieron pacíficamente a los conquistadores, al supuestamente considerarles, como otros tantos pueblos de América, dioses llegados del cielo.
Sin embargo, ante el mal trato que recibieron por parte de los recién llegados, los caciques organizaron a sus hombres y repelieron las agresiones que tenían el propósito de someterlos y esclavizarlos. Las modernas armas de los conquistadores (arcabuces, ballestas, cañones), sus petos y armaduras, fueron las claves de una lucha desigual que llevó a la derrota de los caciques taínos. Los taínos denominaban cacique al jefe de una unidad territorial cuyo poder era limitado a un yucayeque, caserío, valle, etc.
Para el año de 1492, en Quisqueya (la Española), existían cinco cacicazgos: Higüey, Maguá, Maguana, Marién y Jaragua, gobernados por los siguientes caciques: Cayacoa en Higüey, Guarionex en Maguá, Caonabo (de ascendencia Caribe) en Maguana, Guacanagarix en Marién y Bohechío (sucedido por su hermana la princesa Anacaona) en Jaragua.
Los poblados estaban organizados en claros de la selva, tierra adentro, con dos clases de habitáculos: el bohío (vivienda común circular de los habitantes del yucayeque) y el caney (más grande, rectangular y con ventanas, donde habitaba el cacique con su familia). Estas viviendas se construían con hojas de hinea (que se recoge en ríos y lagos), y maderas de los árboles de capá prieto y canela cimarrona. Para dormir usaban hamacas tejidas de algodón (la palabra hamaca es voz taína).
La vestimenta de los taínos era ajustada al medio tropical donde crecía su cultura. Los invasores españoles hallaron a los hombres cubiertos con un simple taparrabos, y a las mujeres casadas con un delantal de paja, algodón u hojas llamado naguas. Las mujeres solteras andaban desnudas. Ambos sexos se aplicaban pintura corporal negra, blanca, roja y amarilla. Decoraban sus cuerpos con tatuajes religiosos para protegerse de los malos espíritus, y horadaban orejas y labios con oro, plata, piedra, hueso y concha.
Entre los útiles confeccionaban cestas, cacharros de cerámica, tallaban la madera, hilaban redes y manufacturaban el oro, abundante en los ríos de Cuba, La Española y Puerto Rico.Los españoles extrajeron más de diez toneladas de oro, agotando las reservas de la isla y expoliando los pocos objetos de interés que tenían los ajuares de los caciques.
Los taínos tuvieron creencias religiosas monoteístas. La divinidad principal era YaYa, que viene del termino yara (que significa "lugar" en lengua arawaka taína); la primera "Ya" simboliza el mundo espiritual, y la segunda "Ya" simboliza el mundo material; o sea que quiere decir "Creador del mundo espiritual y del mundo material. También se le conoce como Semign (que significa "Dios" en lengua arawaka taína). En los libros de historia suele decirse que ellos eran politeístas, pero eso fue una excusa que crearon los españoles para que la Reina de España legalizara la esclavitud.
La palabra "Cemi" es la palabra arawaka taína para decir "ángel"; los Cemies eran espíritus protectores, que ayudaban a los taínos a comunicarse con "Semign" (Dios). Algunos de estos espíritus eran: Yocahu Bagua Maorocoti, Opiel Guobiran, Baibrama, Corocote y Maketauri Guayaba.
Anteriormente se creía que Jurakan (origen del término huracán) era el dios del mal, puesto que el panteón fue interpretado según la creencia dual del catolicismo. En realidad, había varios espíritus que, cuando se unían, causaban destrucción al pueblo taíno. Juracán era el nombre que le daban los taínos a los fenómenos atmosféricos conocidos hoy por huracanes y tormentas tropicales. En las creencias taínas, quien realmente desataba estos huracanes era Guabancex, quien era acompañada por Guatauba y Coatrixquie.
El monte más importante en la cultura taína era la montaña actualmente llamada El Yunque, donde hacían las ceremonias principales para su dios (el nombre actual se deriva del nombre "Yuke", que era el nombre que los taínos le daban.
Sin embargo, el rasgo más característico de la mitología taína fue considerar a los espíritus respecto a los hombres y animales, plantas y seres inanimados.
En las creencias religiosas de la cultura taína, los hupia son los espíritus de los muertos, y se diferencian de los goeiza: espíritus de los vivos. Si bien la vida goeiza había forma clara, después de la muerte el espíritu se dio a conocer como un hupia y se fue a vivir al Coaybay.
Este animismo confería al Bohití o bohíque, médico brujo, grandes poderes, al ser el encargado capaz de comunicarse con los espíritus. Para este fin confeccionaban ídolos de algodón, piedra, hueso, concha y otros materiales, que recibían el nombre de cemíes. Los cemíes tenían poderes sobre el hombre, ya que en ellos residían los espíritus de antepasados muertos, rocas, árboles, etc.
En 1907, Fewkes estudió los ídolos taínos, llegando a la siguiente conclusión: los taínos creían en dos seres sobrenaturales llamados cemíes que eran los progenitores de los demás. Estos dos padres creadores estaban simbolizados por ídolos de piedra, madera o barro, a quienes los indígenas rezaban sus oraciones y en cuya presencia celebraban los ritos para implorar la abundancia de frutos y la dicha de la raza humana. Un grupo de estos sobrenaturales cemíes tutelaban y representaban a los antepasados del clan. El culto de estos ídolos se hallaba supeditado a las familias, y sus imágenes eran guardadas en la casa-templo del cacique.
Ramón Pané, fraile que entre 1494 y 1498 vivió entre los taínos de Santo Domingo, es tajante respecto a las creencias religiosas, decia que Yocahú (el padre creador) vive en el cielo, es un ser inmortal al que nadie puede ver, y aunque tiene madre no tiene principio. Su madre, diosa sin principio también, tiene varios nombres: Atabey, Yermao, Guacar, Apito y Zuimaco.
Oviedo, cuando habla de la pareja divina, dice: «El cemí es el señor del mundo, del cielo y la tierra. Yocahú es la divinidad suprema, hijo y abuelo mítico invisible e intangible como el fuego, como el viento, el sol o la luna. En los museos puertorriqueños hay abundantes muestras de estos curiosos ídolos, los cemíes, cuya forma ha suscitado entre los ufólogos variadas especulaciones.
